Selim Kaptanoğlu 12 Eylül 1980’den sonra ise MHP ve ülkücü kuruluşlar davasında 25 yıl hapis istemiyle yargılandı. 3,5 yıl boyunca Ankara Mevki Hastanesi’nde tutuklu servisi şefliği yaptı. Burada Alparslan Türkeş de kalmaktaydı. 1989-1991 yılında İstanbul MHP’de il başkanlığı yaptı. 1994 yılında ise MHP’de Teşkilattan Sorumlu Genel Sekreter Yardımcılığı yaptı.